Notas para usar ekbek
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1) La interfaz para monitorear los procesos, es un fortal web que se
carga desde el servidor (ekbek) como pagina local (localhost):
ssh -X usuario@ekbek
usuario@ekbek's password:
Rocks Frontend Node - LaSumA Cluster
Rocks 3.3.0 (Makalu)
Profile built 12:25 09-Mar-2005

Kickstarted 12:25 09-Mar-2005
[usuario@ekbek usuario]$mozilla --no-remote &

Nota: estas es la forma ma's practica pero la opcio'n -X es algo
insegura, es ideal poder configurar la variable de ambiente DISPLAY dando
el host de la maquina local y el puerto para visualizar, sin embargo
hacer eso aveces es complicado si se esta en una red local o con una ip
dina'mica. Ma's informacio'n:
http://www.scd.ucar.edu/docs/ssh/guide/node29.html.

2)Los nodos (esclavos) esta'n numerados de la siguiente forma:
compute-0-0 hasta compute-0-30, el acceso es vi'a ssh, estando en ekbek
se accede al nodo # (siempre que este' activo) usando:
ssh compute-0-#

3)Es posible ejecutar programas de forma serial. En cada nodo se hace una
imagen de /export/home/usuario/ que es el directorio (real) de nuestro
home por lo que los archivos que tenemos en el servidor se pueden usar
directamente desde cada nodo. Basta con ejecutar el programa como en la
maquina local.

4)Usando el comando top podemos monitorear los procesos que corren en la
maquina. Si queremos correr un programa serial pero con diferentes
para'metros pueden usarse los siguientes comandos:
./cactus_miespina parametro1.par &
./cactus_miespina parametro2.par &
./cactus_miespina parametro3.par &
./cactus_miespina parametro4.par &

como se muestra en top el sistema trabaja con 4 procesadores por maquina
numerados: cpu00, cpu01, cpu02, cpu03; se asignara un procesador para
cada proceso, si se ejecutan ma's procesos (8 por ejemplo) en cada
maquina se compartira' el procesador.

5)Usando el comando nice -n con n un nu'mero entre 0 y 30 podemos modular
la prioridad de nuestro proceso, 0 es la prioridad normal y 30 la
prioridad ma's baja, por ejemplo:
nice -15 ./cactus_miespina parametro1.par &

asigna menos tiempo de procesador al comando ejecutado.

6) Para trabajar en paralelo hay dos implementaciones de mpi: lam y mpich,
a mi parecer la mas adecuada es lam, para configurar lam+cactus, se
requiere modificar el archivo /home/usuario/.bashrc agregando las lineas:

exportPATH=$PATH:'/opt/lam/gnu/bin:/opt/HDF5/bin:/usr/pgi/linux86-64/6.0/bin:/us

export LD_LIBRARY_PATH='/opt/gm/lib'
export PGI='/usr/pgi'
alias mpirun='mpirun -x LD_LIBRARY_PATH'

Nota: Se incluyen algunas lineas para configurar HDF5 y el compilador de
protland.

7)Para definir las maquinas que usaremos se crea un archivo lamhosts:
ekbek
compute-0-0
compute-0-1
compute-0-2

Nota: Se debe incluir la maquina servidor (ekbek).

8)El ambiente lam se inicia con el comando:
lamboot lamhosts

en donde se ha definido ya lamhosts, se pedira' entonces la clave ssh
para cada maquina (dos veces, una para cada procesador), si manda errores
de acceso para alguna maquina se usa el siguiente comando:

ssh -x compute-0-16 -n 'echo $SHELL'

entonces se intenta nuevamente cargar las maquinas.

9)Para monitorear los procesos que corren en paralelo se usa el comando:
mpitask

10)Cuando termina el proceso que corremos se usan los comandos:
lamclean
lamhalt

Nota: Es muy importante limpiar los procesadores al terminar de ejecutar
nuestro programa.

11)Para compilar cactus con lam y hdf5 se incluye el archivo en
/home/usuario/.cactus/config con al menos los siguientes parametros:
F90 = pgf90
HDF5 = yes
HDF5_DIR = /opt/HDF5
MPI = LAM
LAM_DIR = /opt/lam/gnu

Nota: Antes de compilar cactus en paralelo hay que seguir los pasos 7) y
8).

Por el momento nos e me ocurre ma's pero si tienen dudas o no funciona
algo avisenme. Saludos.

Pablo Galaviz.
pablo_galavizv@yahoo.com.mx
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